Analyse protéomique du paysage du cancer urothélial

Résumé Le cancer de la vessie urothélial (UC) présente un large spectre biologique tumoral avec une stratification pronostique difficile et une morbidité associée à la thérapie pertinente. La plupart des classifications moléculaires ne se rapportent qu'indirectement au niveau des protéines cliniquement pertinent. Nous améliorons la pré-analyse des échantillons cliniques pour les analyses de protéome et caractérisons une cohorte de 434 échantillons avec 242 tumeurs et 192 muqueuses normales appariées couvrant l'ensemble du spectre de l’UC. Nous évaluons la spécificité tumorale par échantillon et classons les biomarqueurs en fonction de leur pertinence cible. Nous identifions des sous-types protéomiques robustes avec des informations pronostiques indépendantes des groupes histopathologiques. La prédiction de médicaments in silico suggère l'efficacité de plusieurs composés jusqu'alors non utilisés cliniquement. Les données in silico et in vitro indiquent la valeur prédictive des clusters protéomiques pour ces médicaments. Nous soulignons que la protéomique est pertinente pour l'oncologie personnalisée et fournissons des données sur l'abondance et la spécificité tumorale pour une grande partie du protéome de l’UC (www.cancerproteins.org).