Analyse MALDI‐TOF MS des écouvillons nasaux pour la caractérisation des patients infectés par le SARS‐CoV‐2 Omicron

Résumé Avec la mutation continue du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS‐CoV‐2) menant à divers variants, il y a un besoin urgent de nouvelles méthodes de diagnostic pour l'infection par le SARS‐CoV‐2. Le test d'acides nucléiques existant et le test antigénique souffrent respectivement d'un long temps d'essai et d'une faible sensibilité. L'analyse des écouvillons nasaux basée sur la spectrométrie de masse à temps de vol par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI‐TOF MS) a été démontrée comme une technique prometteuse dans le dépistage des infections par le SARS‐CoV‐2. Cependant, l'applicabilité de la technique aux différents variants du SARS‐CoV‐2 est incertaine. Étant donné la prévalence du variant Omicron depuis 2022, nous avons développé une méthode de diagnostic basée sur le MALDI‐TOF avec des échantillons d'écouvillons nasaux pour détecter l'infection par ce variant. Nous avons collecté 325 échantillons d'écouvillons nasaux positifs au SARS‐CoV‐2 et 221 échantillons négatifs, et les empreintes de masse moléculaire ont été acquises à partir des échantillons par MALDI‐TOF MS. En utilisant un modèle de classification d'apprentissage automatique par forêt aléatoire pour analyser les empreintes de masse moléculaire des spectres de masse MALDI‐TOF, une précision de 97 %, un taux de faux négatifs de 0 % et un taux de faux positifs de 7,6 % ont été obtenus pour le diagnostic de l'infection par le SARS‐CoV‐2. En combinant l'analyse MALDI‐TOF avec la protéomique de haut en bas, nous avons identifié quatre biomarqueurs protéiques potentiels, à savoir la humanin‐like 4, la thymosine bêta‐10, la thymosine bêta‐4 et la stathérine, dans l'écouvillon nasal pour le diagnostic de la maladie à coronavirus 2019. Il a été en outre constaté que les quatre biomarqueurs protéiques peuvent également différencier l'infection par les souches originales du SARS‐CoV‐2 et l'infection par les souches Omicron. Ces résultats suggèrent que l'analyse des écouvillons nasaux basée sur le MALDI‐TOF MS possède des capacités de diagnostic efficaces pour l'infection par le SARS‐CoV‐2, et montre un potentiel prometteur pour une application globale et une extension à d'autres maladies infectieuses.