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L'ITS-2-ARNr a été particulièrement utile pour le métabarcodage des nématodes mais ne résout pas toutes les relations phylogénétiques, et les séquences de référence ne sont pas disponibles pour de nombreuses espèces de nématodes. Cela pose un problème particulier lors du métabarcodage de communautés complexes telles que les parasites de la faune ou les communautés de nématodes libres terrestres et aquatiques. Nous avons utilisé markerDB pour produire quatre bases de données de régions distinctes du cistron d'ARNr : le gène 18S rARN, le gène 28S rARN, l'espaceur intergénique ITS-1 et la région englobant ITS-1₅. 8SITS-2. Ces bases de données comprennent respectivement 2645, 254, 13, 461 et 10, 107 séquences uniques de longueur complète représentant 1391, 204, 1837 et 1322 espèces de nématodes. L'analyse comparative illustre la valeur complémentaire mais révèle également une meilleure représentation des Clades III, IV et V que des Clades I et II des nématodes dans chaque cas. Bien que la base de données ITS-1 inclue le plus grand nombre de séquences uniques de longueur complète, la base de données 18S rARN fournit la couverture taxonomique la plus large. Nous avons également développé PrimerTC, un outil pour évaluer la conservation des séquences des primers à travers toute base de données de séquences de référence, et l'avons appliqué pour évaluer un grand nombre de primers de cistrons d'ARNr publiés précédemment. Nous avons identifié des ensembles de primers qui offrent actuellement la couverture taxonomique la plus large pour chaque marqueur d'ARNr à travers le phylum des nématodes. Ces nouvelles ressources faciliteront un métabarcodage plus complet des communautés de nématodes utilisant soit des plateformes de séquençage à lecture courte, soit à lecture longue. De plus, PrimerTC est disponible en tant que simple WebApp pour guider ou évaluer la conception de primers PCR pour tout marqueur génétique et/ou groupe taxonomique au-delà du phylum des nématodes.
Charrier et al. (Sat,) ont étudié cette question.