Réactions de déplacement de brin médiées par unité modifiée pour la détection directe de variantes de nucléotides uniques dans l'ADN double brin actif

L'identification précise des variantes de nucléotides uniques (SNVs) dans des gènes pilotes clés revêt une valeur significative pour le diagnostic et le traitement des maladies. Les sondes fluorescentes présentent un potentiel énorme pour la détection spécifique, à haute résolution et rapide des SNVs. Cependant, des étapes supplémentaires sont requises dans la plupart des assays post-PCR pour convertir les produits d'ADN double brin (dsDNA) en ADN simple brin (ssDNA), leur permettant de posséder une activité d'hybridation pour déclencher des réactions ultérieures. Ce processus prolonge non seulement la complexité de l'expérience mais présente également le risque de perdre des informations cibles. Dans cette étude, nous avons proposé deux stratégies pour enrichir l'ADN double brin actif, impliquant une PCR basée sur des groupes obstructifs et des unités clivables. En construisant sur cela, nous avons exploré l'impact des unités modifiées sur la réaction de déplacement de brin (SDR) et évalué leur efficacité discriminatoire pour les mutations. Les résultats ont montré que la détection de faibles fréquences alléliques variant (VAF) aussi basses que 0.1% peut être réalisée. La stratégie proposée a permis l'identification orthogonale de 45 échantillons de tissus de cancer colorectal clinique avec une spécificité de 100%, et les résultats étaient généralement cohérents avec les résultats de séquençage. Comparée aux méthodes existantes pour enrichir les cibles actives, notre approche offre un ensemble plus diversifié de stratégies d'enrichissement, caractérisées par l'avantage d'être simples et rapides et de préserver au maximum l'information originale. L'objectif de cette étude est d'offrir une solution efficace pour l'acquisition rapide et facile de l'ADN double brin actif. Nous anticipons que notre travail facilitera les applications pratiques de la SDR basée sur dsDNA.