Rummagene : extraction massive d'ensembles de gènes à partir des matériaux de soutien des publications de recherche biomédicale

De nombreuses publications de recherche biomédicale contiennent des ensembles de gènes dans leurs tableaux de soutien, et ces ensembles ne sont actuellement pas disponibles pour une recherche et une réutilisation. En parcourant PubMed Central, le serveur Rummagene fournit un accès à des centaines de milliers de tels ensembles de gènes de mammifères. Jusqu'à présent, nous avons analysé 5 448 589 articles pour trouver 121 237 articles contenant 642 389 ensembles de gènes. Ces ensembles sont disponibles pour des analyses d'enrichissement, des recherches en texte libre et des recherches par titre de tableau. En enquêtant sur les modèles statistiques au sein de la base de données Rummagene, nous démontrons que Rummagene peut être utilisé pour des analyses d'enrichissement de facteurs de transcription et de kinases, ainsi que pour des prédictions de fonction génique. En combinant la similarité des ensembles de gènes avec la similarité des résumés, Rummagene peut trouver des relations surprenantes entre des processus biologiques, des concepts et des entités nommées. En somme, Rummagene met en lumière la capacité de rechercher une vaste collection d'ensembles de données biomédicales publiées qui sont actuellement enterrées et inaccessibles. L'application web de Rummagene est disponible sur https://rummagene.com .