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La conception de novo de protéines liantes pour les petites molécules a connu des progrès récents passionnants ; cependant, une liaison à haute affinité et une spécificité réglable nécessitent généralement un dépistage et une optimisation laborieux après la conception computationnelle. Nous avons développé une procédure computationnelle pour concevoir une protéine qui reconnaît un pharmacophore commun dans une série d'inhibiteurs de la poly(ADP-ribose) polymérase-1. L'une des trois protéines conçues a lié différents inhibiteurs avec des affinités allant de <5 nM à faible micromolaire. Les structures cristallines par rayons X ont confirmé l'exactitude des interactions protéine-médicament conçues. Les simulations de dynamique moléculaire ont informé le rôle de l'eau dans la liaison. Les calculs d'énergie libre de liaison effectués directement sur les modèles conçus étaient en excellent accord avec les affinités mesurées expérimentalement. Nous concluons que la conception de novo de protéines liantes pour les petites molécules à haute affinité avec des énergies d'interaction réglées est réalisable entièrement par computation.
Lü et al. (Jeu,) ont étudié cette question.