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Résumé Le Coffea arabica , un hybride allotétraploïde du Coffea eugenioides et du Coffea canephora , est la source d'environ 60 % des produits à base de café dans le monde, et ses accès cultivés ont subi plusieurs goulots d'étranglement. Nous présentons des assemblages au niveau chromosomique d'un accès di-haploïde de C. arabica et de représentants modernes de ses progéniteurs diploïdes, C. eugenioides et C. canephora . Les trois espèces présentent des structures génomiques largement conservées entre les parents diploïdes et les sous-génomes descendants, sans dominance évidente d'un sous-génome global. Nous trouvons des preuves d'un événement de polyploïdie fondateur il y a 350 000 à 610 000 ans, suivi de plusieurs goulots d'étranglement pré-domestication, entraînant une variation génétique étroite. Une séparation entre les accès sauvages et les progéniteurs de cultivars a eu lieu il y a environ 30 500 ans, suivie d'une période de migration entre les deux populations. L'analyse des variétés modernes, y compris des lignées historiquement introgressées avec C. canephora , met en évidence leurs histoires de sélection et des loci qui peuvent contribuer à la résistance aux pathogènes, posant les bases pour un avenir de sélection de C. arabica basé sur la génomique.
Salojärvi et al. (Mon,) ont étudié cette question.