Activation du pseudoexon par variation intronique profonde dans la myopathie GNE avec thrombocytopénie

Résumé Introduction/Objectifs La myopathie GNE est un trouble autosomique récessif rare causé par des variants pathogènes dans le gène GNE, qui est essentiel pour la voie de biosynthèse de l'acide sialique. Bien que plus de 300 variants GNE aient été rapportés, certains patients restent non diagnostiqués avec des variants pathogènes monoalléliques. Cette étude vise à analyser l'ensemble de la région génomique GNE afin d'identifier de nouveaux variants pathogènes. Méthodes Des patients présentant une myopathie GNE cliniquement compatible et des variants pathogènes monoalléliques dans le gène GNE ont été inclus. L'autre variant pathogène GNE a été vérifié à l'aide de méthodes complètes incluant la réaction en chaîne par polymérase quantitative pour l'exon 2 et le séquençage à lecture longue de molécules uniques par nanopore (LRS). Résultats Un variant GNE intronique profond, c.862+870C>T, a été identifié chez neuf patients provenant de huit familles non apparentées. Ce variant génère un site de splice cryptique, entraînant l'activation d'un nouveau pseudoexon entre les exons 5 et 6. Cela entraîne l'insertion de 146 nucléotides supplémentaires dans l'ARN messager (mRNA), qui devrait aboutir à une protéine humaine GNE1 tronquée (hGNE1). La coloration par lectine d'agglutinine de cacahuète (PNA) des tissus musculaires a montré une sialylation réduite des mucines O-glycane sur les glycoprotéines sarcolemmiques. Notamment, un tiers des patients avec le variant c.862+870C>T a présenté une thrombocytopénie. Un haplotype core commun portant le variant intronique profond GNE a été trouvé chez tous ces patients. Discussion Le transcrit avec activation du pseudoexon affecte potentiellement la biosynthèse de l'acide sialique via la dégradation de l'ARNm médiée par un codon stop, ou en entraînant une protéine hGNE1 tronquée, ce qui interférerait avec la fonction normale de l'enzyme. Le LRS est attendu pour être plus fréquemment intégré dans l'analyse génétique compte tenu de son efficacité à détecter les variants pathogènes difficiles à trouver.