Résumé 1160 : Étude du profilage spatial de l'expression génique dans le cancer colorectal : Comparaison de la tumeur et du stroma entre lésions primaires et métastases hépatiques appariées

Résumé Le GeoMx® Digital Spatial Profiling (DSP) de nanoString permet l'investigation de l'évaluation spatiale des tumeurs par un profilage hautement multiplexé au niveau de l'ARN et des protéines. Des analyses génomiques récentes ont révélé l'hétérogénéité intertumorale entre les lésions primaires et métastatiques chez les patients atteints de cancer colorectal (CRC). Dans le CRC avec métastases hépatiques, les stratégies de traitement actuelles reposent principalement sur les paramètres des tumeurs primaires, et l'hétérogénéité métastatique constitue un défi car l'hétérogénéité moléculaire contribue à la résistance thérapeutique. De plus, une hétérogénéité spatiale intratumorale existe au sein d'une même tumeur entre les cellules cancéreuses (tumeur) et leur microenvironnement (stroma) dans les cancers humains. Cependant, il reste incertain s'il existe des patterns distincts d'expression génique spatiale du tumor et du stroma entre les lésions primaires et les métastases hépatiques dans le CRC. Nous avons examiné 24 échantillons de tissus fixés au formol et inclus en paraffine, incluant des lésions primaires et des métastases hépatiques appariées de 12 patients (6 avec métastases synchrones et 6 avec métastases métachrones) utilisant le NanoString GeoMx® DSP. Les régions d'intérêt (ROI) les plus pertinentes situées à la frontière invasive de la tumeur ont été sélectionnées par des pathologistes. La ROI a été segmentée en PanCK-positif (tumeur) et PanCK-négatif (stroma), suivie d'une collecte d'oligonucléotides indexés et d'un séquençage sur instrument Illumina. Des analyses d'expression différentielle et d'enrichissement de voies ont été réalisées avec les packages R BioConductor standR, limma et GSEABase. La signification statistique reposait sur |Log2 fold change| ≥ 1 et P corrigé de Benjamini-Hochberg ≤ 0,05. L'abondance des cellules immunitaires a été estimée avec le package SpatialDecon. Chez les 12 patients métastatiques (âge moyen 61 ans ± 7 écart-type), le stroma des métastases hépatiques était associé à 68 gènes surexprimés et 93 gènes sous-exprimés comparé au stroma primaire, avec un enrichissement des termes « Réponse immunitaire » dans l'analyse d'enrichissement de gene set (GSEA). Une proportion plus élevée de cellules T mémoire CD4 et une expression accrue des gènes cytotoxiques (IL7R 2,02 fois, CD3E 1,75 fois, KLRB1 1,68 fois et GZMK 1,54 fois) ont été observées dans le stroma hépatique par rapport au stroma primaire. Inversement, les tumeurs métastatiques hépatiques étaient associées seulement à 23 gènes surexprimés et 6 gènes sous-exprimés comparé aux tumeurs primaires, avec un enrichissement des termes « Réponse humorale » dans la GSEA. Des schémas similaires ont été observés dans les analyses stratifiées avec métastases synchrones et métachrones, bien qu'une réponse immunitaire plus marquée ait été observée dans le stroma métastatique synchrone comparé au stroma primaire. Nous avons révélé qu'une proportion plus élevée de cellules immunitaires et une activité cytotoxique accrue étaient observées dans le stroma des métastases hépatiques comparé au stroma CRC, fournissant de nouvelles perspectives sur une étiologie unique et pouvant avoir des implications cliniques pour le développement de modalités de traitement ciblé chez les patients atteints de CRC métastatique hépatique. Format de citation : Jongwon Lee, Yeseul Kim, Hyo Seon Ryu, Jongmin Sim, Chungyeul Kim, Jong Min Park, Ah-Reum Lim, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Xingyi Guo, Jungmin Choi, Jungyoon Choi. Investigating spatial gene expression profiling in colorectal cancer: Tumor and stroma comparison between primary lesions and matched liver metastases abstract. In : Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA) : AACR ; Cancer Res 2024;84 (6Suppl) : Abstract nr 1160.