Activité antifongique des bactéries phyllosphériques isolées de Coffea arabica contre Hemileia vastatrix

Le Pérou est l'un des principaux pays producteurs et exportateurs de cafés de spécialité, favorablement positionné sur les marchés internationaux en raison de ses qualités organoleptiques et physiques. Ces dernières années, la rouille jaune du café causée par le champignon phytopathogène Hemileia vastatrix se distingue comme l'une des principales maladies phytosanitaires qui affectent les rendements de la culture du café. De nombreuses études ont démontré l'activité antagoniste des bactéries contre un certain nombre de champignons phytopathogènes. Dans ce contexte, l'objectif de ce travail était de sélectionner et de caractériser les bactéries phyllosphériques isolées de Coffea arabica présentant des caractéristiques antagonistes contre la rouille du café afin d'obtenir des biocontrôleurs. À cette fin, un total de 82 bactéries phyllosphériques ont été isolées à partir de deux variétés sensibles à la rouille des feuilles de café, typica et caturra roja, et d'une variété tolérante, catimor. Parmi tous les isolats, 15 % étaient endophytes et 85 % étaient épiphytes. Parmi tous les isolats, 14 étaient capables d'inhiber la croissance radiale mycélienne de Mycena citricolor, et l'analyse basée sur la séquence du gène 16S rRNA de Colletotrichum sp. a montré que 9 isolats étaient liés à Achromobacter insuavis, 2 étaient liés à Luteibacter anthropi et 1 était lié à Rodococcus ceridiohylli, Achromobacter marplatensis et Pseudomonas parafulva. Un total de 7 bactéries représentatives de chaque groupe ont été sélectionnées en fonction de leur activité antagoniste et testées dans des essais d'inhibition de germination des urédospores de rouille du café. Les isolats CRRFLT7 et TRFLT8 ont montré un pourcentage d'inhibition élevé de la germination des urédiniospores (81 % et 82 %, respectivement), similaire à celui obtenu avec le contrôle chimique (91 %). Un essai de champs expérimental a également montré une bonne performance des deux souches contre les dommages causés par la rouille, ce qui en fait une alternative prometteuse pour le biocontrôle de la rouille des feuilles de café.