La variation naturelle dans SbTEF1 contribue à la tolérance au sel chez les semis de sorgho

Le stress salin est une contrainte majeure à la productivité et à la qualité des cultures. La disponibilité limitée de gènes tolérants au sel pose des défis significatifs aux programmes de sélection visant à améliorer la tolérance au sel. Le sorgho présente une capacité remarquable à résister aux conditions salines; par conséquent, élucider les bases génétiques de ce trait est crucial. Cette étude a impliqué un séquençage complet de 186 accès de sorgho pour réaliser une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) axée sur la longueur relative des racines (RL) et le poids frais des racines (RFW) dans des conditions de stress salin. Nous avons identifié huit gènes candidats dans une région co-localisée, parmi lesquels SbTEF1—un gène codant pour une protéine facteur d'élongation de transcription—était considéré comme un candidat potentiel en raison de son annotation et de ses variations dans le modèle d'expression sous stress salin. L'analyse des haplotypes, le clonage de gènes, l'analyse de déséquilibre de liaison (LD) et l'analyse d'effet allélique ont révélé que PAV284, situé dans la région promotrice de SbTEF1, modulait l'expression génique sous stress salin, ce qui influençait à son tour la tolérance au sel des semis de sorgho. PAV284 montre un potentiel en tant que marqueur génétique pour la sélection de germoplasmes tolérants au sel via la sélection assistée par marqueurs, améliorant ainsi le développement de cultivars de sorgho tolérants au sel.