Les changements de communauté bactérienne se produisent principalement par l'expansion de la rhizosphère en réponse aux amendements de sous-sol

Résumé Pour évaluer de manière globale l'impact des pratiques de gestion agricole sur la productivité des sols, il est impératif de mener une analyse approfondie de l'écologie bactérienne du sol. L'incorporation d'amendements riches en nutriments en profondeur est une pratique de gestion des sols visant à améliorer la croissance des plantes et la structure du sol en s'attaquant aux contraintes de croissance des plantes posées par les sous-sols argileux denses. Cependant, la réponse des communautés bactériennes aux amendements en profondeur n'a pas été étudiée de manière approfondie. Pour combler cette lacune, nous avons mené une expérience en colonne en environnement contrôlé pour examiner les effets de différents types d'amendements du sol (fientes de volailles, paille de blé + engrais chimiques et engrais chimiques seuls) sur la composition taxonomique bactérienne dans des sous-sols argileux denses simulés. Nous avons évalué la composition taxonomique et les groupes écologiques de bactéries dans les sols à côté et sous l'amendement en utilisant le séquençage d'amplicons 16S rRNA et des méthodes statistiques robustes. Nos résultats indiquent que les amendements en profondeur altèrent les communautés bactériennes par des mécanismes directs et indirects. Tous les amendements ont directement facilité un changement dans les communautés bactériennes en l'absence de blé en croissance. Cependant, une combinaison d'amendements avec un blé en croissance a conduit à un changement des communautés bactériennes plus marqué, distinct et éclipsant l'impact direct des amendements et des plantes seuls. Ce mécanisme indirect a été constaté comme étant principalement médié par la croissance des plantes et supposé résulter d'une amélioration de la distribution des racines de blé, de leur densité et des changements de rhizodépôt. Par conséquent, nous proposons que les amendements de sous-sol, quel que soit leur type, facilitent une expansion de la rhizosphère qui a engendré une réponse substantielle des communautés bactériennes médiée par les plantes dans les sous-sols argileux denses simulés. Dans l'ensemble, nos résultats soulignent l'importance de considérer les interactions complexes et synergiques entre les propriétés physico-chimiques du sol, la croissance des plantes et les communautés bactériennes lors de l'évaluation des stratégies de gestion agricole pour améliorer la productivité des sols et des plantes.