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L'objectif de ce protocole est l'extraction de l'ARN environnemental (eRNA) à partir d'échantillons d'eau filtrés à travers des filtres de 47 mm de diamètre. L'extraction de l'ARN est réalisée à l'aide d'un système de purification des acides nucléiques MagnetaPure 32 (Dutscher) et du Kit NucleoMagDNA/RNA Water (Macherey Nagel), avec une étape de digestion rDNase. La procédure repose sur l'adsorption réversible des acides nucléiques sur des billes paramagnétiques dans des conditions de tampon appropriées. Les avantages de l'utilisation du système de purification des acides nucléiques MagnetaPure 32 (Dutscher) sont une productivité et une répétabilité accrues, ainsi que l'élimination des erreurs humaines et de la pénibilité du travail répétitif. Ce protocole est utilisé avant l'analyse de biologie moléculaire (par exemple, qPCR, metabarcoding, ddPCR) pour cibler spécifiquement à la fois les eRNA des macro- et micro-organismes extraits des échantillons d'eau.
Vautier et al. (Wed,) ont étudié cette question.