Caractérisation, classification taxonomique et analyse génomique de deux bactériophages nouvellement isolés ayant un potentiel d'infection d'Escherichia coli

RÉSUMÉ Escherichia coli est une bactérie pathogène largement distribuée et pouvant entraîner des maladies graves chez les humains et les animaux. Alors que l'incidence de la résistance aux antibiotiques multi-médicaments augmente parmi ces bactéries, il est impératif de découvrir des thérapies alternatives aux antibiotiques pour traiter efficacement ces infections. La thérapie par bactériophages (phages) a le potentiel de traiter les infections causées par E. coli, car les phages contiennent des enzymes capables de provoquer la lyse ou la destruction des cellules bactériennes. Parallèlement, la facilité d'accès et le rapport coût-efficacité des technologies de séquençage de nouvelle génération ont conduit à l'accumulation d'une vaste quantité de données de séquences de phages. Ici, les phages IME177 et IME267 ont été isolés des eaux usées d'un hôpital en Chine. Les approches phylogénétiques modernes et les résultats clés de l'analyse génomique ont révélé que les phages IME177 et IME267 sont classés comme membres du genre Kayfunavirus, famille des Autographiviridae, et d'un nouveau genre proposé de Suseptimavirus sous la sous-famille Gordonclarkvirinae, respectivement. De plus, le genre Kuravirus s'est redéfini en trois genres différents : Kuravirus, Nieuwekanaalvirus et Suspeptimavirus, qui sont classés ensemble sous un rang taxonomique supérieur (sous-famille) nommé Gordonclarkvirinae. Aucun gène lié à la virulence n'a été détecté dans les génomes des phages IME177 et IME267. Les deux phages ont montré un haut degré de résilience à un large éventail de conditions, y compris le pH, la température, l'exposition au chloroforme et aux radiations UV. Les phages IME177 et IME267 sont des agents biologiques prometteurs pouvant infecter E. coli, ce qui en fait des candidats appropriés pour une utilisation dans les thérapies par phages. IMPORTANCE La caractérisation biologique et taxonomique des phages est essentielle pour faciliter le développement de stratégies efficaces pour la thérapie par phages et le contrôle des maladies. Les phages d'Escherichia coli sont incroyablement diversifiés, et leur isolation et classification nous aident à comprendre l'étendue et la nature de cette diversité. En identifiant de nouveaux phages et en les regroupant en familles, nous pouvons mieux comprendre les variations génétiques et structurelles entre les phages et comment elles affectent leur infectiosité et leurs interactions avec les bactéries. Dans l'ensemble, l'isolement et la classification des phages d'E. coli ont des implications larges tant pour la recherche fondamentale qu'appliquée, la pratique clinique et la santé publique.