La faune peut agir à la fois comme réservoir et comme sentinelle pour les agents pathogènes émergents, mais la surveillance est souvent limitée par les difficultés à obtenir des échantillons sans déranger les animaux. Cette étude a exploré la diversité virale des mammifères sauvages habitant le Parc national des Foreste Casentinesi (Italie centrale) en utilisant un échantillonnage fécal non invasif. De 2021 à 2022, 99 échantillons fécaux de plusieurs espèces ont été collectés et analysés par PCR et séquençage métagénomique de nouvelle génération. Sur 26 pools examinés, 10 (38,5 %) ont été testés positifs pour au moins une cible virale. Les astrovirus ont été les plus fréquemment détectés, trouvés chez les cerfs, les renards, les loups, les petits mustélidés et les porcs-épics. Les renards portaient la gamme la plus large de virus, y compris astrovirus, parvovirus, bocavirus, kobuvirus, adénovirus et coronavirus. Plusieurs séquences ont montré une faible similarité avec des souches connues, suggérant des lignées virales divergentes ou nouvelles. L'analyse métagénomique a également identifié des membres de Circoviridae, Anelloviridae et Picobirnaviridae. Ces résultats offrent de nouvelles perspectives sur le virome de la faune européenne, y compris les premiers rapports de certains virus chez certaines espèces. Dans l'ensemble, notre étude démontre que la surveillance non invasive est un outil précieux pour surveiller la santé des écosystèmes et soutient une approche One Health pour la détection précoce des menaces virales.
Pacini et al. (Jeudi,) ont étudié cette question.