Résumé La pourriture des couronnes causée par Phytophthora cactorum est une maladie transmise par le sol ayant de larges impacts sur la fraise cultivée (Fragaria × ananassa). Un locus de résistance, RPc2, a été identifié précédemment chez des fraises octoploïdes, mais l'architecture génomique sous-jacente et les gènes causaux demeuraient non caractérisés. Dans cette étude, nous avons affiné le RPc2 d'un intervalle de 1,12 Mb à une région de 546 kb contenant 92 gènes en génotypant un panel d'association de 339 accèsions avec des marqueurs spécifiques de sous-génome à haute résolution. Pour découvrir des gènes candidats, un génome haplotype-phasé à l'échelle chromosomique de la lignée résistante FL16.33-8 a été assemblé et validé avec une carte génétique à haute densité et des analyses comparatives avec des génomes de référence octoploïdes de haute qualité, Florida Brilliance et Royal Royce. Le profilage du transcriptome suite à l'inoculation du pathogène combiné à la génomique comparative a identifié la kinase associée à la paroi 1 (WAK1) et le canal activé par nucléotides cycliques (CNGC1 CNGC2) comme de forts candidats dans la région RPc2. À l'aide d'un essai d'expression transitoire médié par Agrobacterium, nous avons confirmé leur rôle dans la résistance à P. cactorum chez la fraise. Le knockdown par interférence ARN de ces gènes a augmenté la sévérité de la maladie, tandis que l' surexpression de WAK1 ou CNGC1 a réduit les symptômes de pourriture des couronnes dans des milieux sensibles. De plus, les analyses de population de 1029 accès globaux ont révélé que l'haplotype résistant prédominant (RPc2-H3) est commun dans les cultivars modernes et montre des preuves de sélection positive dans les programmes de sélection. En résumé, notre étude affine la région génomique de RPc2, identifie et valide fonctionnellement WAK1 et CNGC1/2 pour la résistance à la pourriture des couronnes de Phytophthora, et démontre que RPc2-H3 a été sélectionné au niveau mondial. Ces résultats de cette étude faciliteraient l'avancement des stratégies de sélection assistée par génome pour la résistance à la pourriture des couronnes de Phytophthora chez la fraise.
Han et al. (Ven,) ont étudié cette question.