La contamination des réactifs et des laboratoires peut avoir un impact critique sur les analyses microbiomes basées sur le séquençage

CONTEXTE : L'étude des communautés microbiologiques a été révolutionnée ces dernières années par l'adoption généralisée de techniques analytiques indépendantes de la culture telles que le séquençage du gène de l'ARNr 16S et la métagénomique. Un facteur de confusion potentiel de ces approches basées sur le séquençage est la présence de contamination dans les kits d'extraction d'ADN et d'autres réactifs de laboratoire. RÉSULTATS : Dans cette étude, nous démontrons que l'ADN contaminant est omniprésent dans les kits d'extraction d'ADN couramment utilisés et d'autres réactifs de laboratoire, varie considérablement en composition entre différents kits et lots de kits, et que cette contamination impacte de manière critique les résultats obtenus à partir d'échantillons contenant une faible biomasse microbienne. La contamination impacte à la fois les enquêtes sur le gène de l'ARNr 16S basées sur la PCR et la métagénomique shotgun. Nous fournissons une liste exhaustive de genres contaminés potentiels, ainsi que des lignes directrices sur la façon de mitiguer les effets de la contamination. CONCLUSIONS : Ces résultats suggèrent qu'il convient de faire preuve de prudence lors de l'application de techniques basées sur le séquençage à l'étude des microbiotes présents dans des environnements à faible biomasse. Le séquençage simultané d'échantillons de contrôle négatif est fortement conseillé.