Enregistrement des résultats négatifs des essais d'interaction protéine-protéine : une manière simple de gérer les biais et les erreurs des ensembles de données interactomiques

Au cours des dernières années, il est devenu de plus en plus courant d'utiliser des essais permettant de tester si deux protéines interagissent, tels que le test de deux hybrides de levure et la purification par affinité tandem suivie de la spectrométrie de masse. De telles techniques, en particulier lorsqu'elles sont appliquées à grande échelle, souffrent de taux élevés de faux positifs et de faux négatifs. De plus, les ensembles de données interactomiques sont soumis à un certain nombre de biais, ce qui limite considérablement leur utilité pour aborder des questions biologiques. Les bases de données interactomiques ne tiennent compte que des résultats positifs des essais d'interaction protéique (ceux indiquant que les protéines testées interagissent). Malgré leur importance, les résultats négatifs (ceux indiquant que les protéines testées n'interagissent pas) ne sont pas enregistrés dans les bases de données interactomiques. En effet, les bases de données interactomiques actuelles ne soutiennent pas les résultats négatifs. Ici, je soutiens que l'enregistrement systématique non seulement des résultats positifs mais aussi des résultats négatifs des essais d'interaction protéique aiderait les scientifiques à identifier les erreurs et à gérer les biais, augmentant ainsi énormément la valeur des ensembles de données interactomiques. Les défis de la mise en œuvre de ce changement, ainsi que les solutions potentielles, sont discutés.