KEGG : Encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes

KEGG (Encyclopédie de Kyoto des gènes et des génomes) est une base de connaissances pour l'analyse systématique des fonctions génétiques, liant l'information génomique à des informations fonctionnelles de plus haut niveau. L'information génomique est stockée dans la base de données GENES, qui est une collection de catalogues de gènes pour tous les génomes complètement séquencés et certains génomes partiels avec une annotation des fonctions génétiques à jour. Les informations fonctionnelles de plus haut niveau sont stockées dans la base de données PATHWAY, qui contient des représentations graphiques des processus cellulaires, tels que le métabolisme, le transport membranaire, la transduction du signal et le cycle cellulaire. La base de données PATHWAY est complétée par un ensemble de tables de groupes d'orthologues pour les informations sur les sous-voies conservées (motifs de voie), qui sont souvent encodées par des gènes positionnellement couplés sur le chromosome et qui sont particulièrement utiles pour prédire les fonctions génétiques. Une troisième base de données dans KEGG est LIGAND pour les informations sur les composés chimiques, les molécules d'enzymes et les réactions enzymatiques. KEGG fournit des outils graphiques Java pour naviguer dans les cartes du génome, comparer deux cartes du génome et manipuler des cartes d'expression, ainsi que des outils informatiques pour la comparaison de séquences, la comparaison de graphes et le calcul de chemins. Les bases de données KEGG sont mises à jour quotidiennement et rendues disponibles gratuitement (http://www.genome.ad.jp/kegg/).