La diversité des phages reflète la diversité des souches bactériennes dans le microbiote intestinal des abeilles

Ceci est le Zenodo pour la publication La diversité des phages reflète la diversité des souches bactériennes dans le microbiote intestinal des abeilles. Les fichiers trouvés dans ce répertoire sont les suivants : chapter1-4. Rmd : fichiers Rmarkdown contenant des analyses en aval et du code pour recréer les graphiques du manuscrit. usefulfunc. R : script R contenant certaines fonctions utilisées dans les autres scripts. bipartiteₙetwoekₐnalysis. R : script contenant certaines fonctions pour l'analyse des données PBIN. zip : Répertoire contenant toutes les données nécessaires pour exécuter les scripts R (Ces fichiers sont générés suivant le pipeline github dans le dépôt lié à ce zenodo). Figures. zip : Répertoire contenant toutes les figures (brutes et modifiées pour publication). MAGs. zip : répertoire contenant tous les MAGs bactériens. vMAGs. zip : répertoire contenant tous les MAGs viraux IsolateBacteriaAssemblies. zip : répertoire contenant tous les assemblages de génomes de bactéries isolées HFₐssembliy. zip : répertoire contenant les fastas d'assemblage bruts pour metaspades et metaviralspades.