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Le serveur web HMMER http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer est un service gratuit qui permet des recherches rapides contre des bases de données de séquences largement utilisées et des bibliothèques de modèles de Markov cachés (HMM) en utilisant la suite logicielle HMMER (http://hmmer.org). Les résultats d'une recherche de séquence peuvent être résumés de plusieurs manières, permettant aux utilisateurs de visualiser et de filtrer les résultats significatifs par architecture de domaine ou taxonomie. Pour une utilisation à grande échelle, nous fournissons une interface de programmation d'application (API) qui a été élargie, de sorte que toutes les présentations de résultats sont disponibles à la fois via HTML et API. De plus, nous avons refactorisé notre bibliothèque de visualisation JavaScript pour fournir des composants autonomes pour différentes représentations de résultats. Ceux-ci consomment l'API mentionnée ci-dessus et peuvent être intégrés dans des sites web tiers. La gamme de bases de données sur lesquelles il est possible de rechercher a été élargie, ajoutant quatre ensembles de données de séquences (12 au total) et une bibliothèque de profils HMM (6 au total). Pour aider les utilisateurs à explorer le contexte biologique de leurs résultats et à découvrir de nouvelles ressources de données, les résultats de recherche sont désormais complétés par des références croisées à d'autres bases de données EMBL-EBI.
Potter et al. (Mar,) ont étudié cette question.