La composition de la communauté bactérienne ruminale chez les vaches laitières est dynamique au cours de deux lactations et corrèle avec l'efficacité alimentaire

Quatorze vaches Holstein d’âges similaires ont été surveillées au cours de leurs deux premiers cycles de lactation, pendant lesquels des solides et des liquides ruminales, des échantillons de lait, des données de production et des données de consommation alimentaire ont été collectés pour chaque vache durant les périodes de lactation précoce (76 à 82 jours en lactation), intermédiaire (151 à 157 jours en lactation), et tardive (251 à 257 jours en lactation). La communauté bactérienne de chaque échantillon ruminal a été déterminée par séquençage de la région de V6 à V8 du gène 16S rRNA en utilisant le pyroséquençage 454. L’efficacité alimentaire brute (EAB) pour chaque vache a été calculée en divisant son lait corrigé pour l'énergie par l'apport de matière sèche (LCE/AMS) pour chaque période des deux cycles de lactation. Quatre paires de vaches ont été identifiées comme ayant des différences dans l’efficacité de production laitière, définie par l'apport résiduel de nourriture (ARN), au même niveau de production de LCE. Les phylums les plus abondants détectés chez toutes les vaches étaient les Bacteroidetes (49,42 %), les Firmicutes (39,32 %), les Proteobacteria (5,67 %), et les Tenericutes (2,17 %), et les genres les plus abondants comprenaient Prevotella (40,15 %), Butyrivibrio (2,38 %), Ruminococcus (2,35 %), Coprococcus (2,29 %), et Succiniclasticum (2,28 %). La microbiote bactérienne entre les premiers et deuxièmes cycles de lactation était très similaire, mais avec une corrélation significative entre la composition totale de la communauté par phase ruminale et des bactéries spécifiques dont les abondances relatives en séquence montraient une corrélation positive ou négative significative avec l'EAB ou l'ARN. Ces données suggèrent que la communauté bactérienne ruminale est dynamique en termes de membership et de diversité et que des membres spécifiques sont associés à une haute et une basse efficacité de production laitière au cours de deux cycles de lactation.