Circos : Une esthétique de l'information pour la génomique comparative

Nous avons créé un outil de visualisation appelé Circos pour faciliter l'identification et l'analyse des similitudes et des différences résultant des comparaisons de génomes. Notre outil est efficace pour afficher les variations dans la structure du génome et, en général, tout autre type de relations positionnelles entre les intervalles génomiques. De telles données sont régulièrement produites par des alignements de séquences, des matrices d'hybridation, des cartes génomiques et des études de génotypage. Circos utilise une mise en page d'idéogramme circulaire pour faciliter l'affichage des relations entre les paires de positions grâce à l'utilisation de rubans, qui codent la position, la taille et l'orientation des éléments génomiques associés. Circos est capable d'afficher des données sous forme de nuages de points, de graphiques linéaires et d'histogrammes, de cartes thermiques, de tuiles, de connecteurs et de texte. Des images bitmap ou vectorielles peuvent être créées à partir d'entrées de données au format GFF et de fichiers de configuration hiérarchiques, qui peuvent être facilement générés par des outils automatisés, rendant Circos adapté à un déploiement rapide dans les pipelines d'analyse et de reporting de données.