MGnify : la ressource d'analyse des données de séquence du microbiome en 2023

La plateforme MGnify (https://www.ebi.ac.uk/metagenomics) facilite l'assemblage, l'analyse et l'archivage des séquences d'acides nucléiques dérivées du microbiome. La plateforme donne accès aux assignations taxonomiques et aux annotations fonctionnelles pour près d'un demi-million d'analyses couvrant le metabarcoding, le métatranscriptomique et les ensembles de données métagénomiques, qui proviennent d'un large éventail d'environnements. Au cours des 3 dernières années, MGnify a non seulement augmenté en termes de nombre d'ensembles de données contenus mais a également élargi la portée des analyses proposées, telles que l'analyse de séquences à longue lecture. La base de données protéique MGnify dépasse désormais 2,4 milliards de séquences non redondantes prédites à partir d'assemblages métagénomiques. Cette collection est désormais organisée en une base de données relationnelle permettant de comprendre le contexte génomique de la protéine en naviguant vers l'assemblage source et les métadonnées de l'échantillon, marquant une amélioration majeure. Pour aller au-delà des annotations fonctionnelles déjà fournies dans MGnify, nous avons appliqué des méthodes d'annotation basées sur l'apprentissage profond. La technologie sous-jacente à l'API (Interface de Programmation d'Application) et au site web de MGnify a été mise à jour, et nous avons permis la capacité d'effectuer une analyse en aval des données MGnify grâce à l'introduction d'un environnement Jupyter Lab couplé.