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L'identification des génomes complets du VIH-1 transmis pourrait être instrumentale dans la pathogénie du VIH-1, la recherche sur les microbicides et les vaccins en permettant l'analyse directe de ces virus réellement responsables d'une infection clinique productive. Nous montrons chez 12 sujets infectés aiguë (9 du clade B et 3 du clade C) que des génomes complets de VIH-1 issus de virus transmis/fondateurs peuvent être inférés par amplification de génome unique et séquençage de l'ARN virion plasmatique. Cela a permis le clonage moléculaire et l'analyse biologique des virus transmis/fondateurs ainsi qu'une évaluation exhaustive à l'échelle du génome de l'empreinte génétique laissée sur le quasispecès viral évolutif par un composite de pressions de sélection de l'hôte. Les virus transmis codent des gènes canoniques intacts (gag-pol-vif-vpr-tat-rev-vpu-env-nef) et se répliquent efficacement dans les lymphocytes T CD4(+) humains primaires mais beaucoup moins dans les macrophages dérivés de monocytes. Les virus transmis étaient tropiques pour CD4 et CCR5 et ont démontré la dissimulation des surfaces de liaison des corécepteurs de la feuille de pont de l'enveloppe et de la boucle variable 3. Deux mois après l'infection, les virus transmis/fondateurs chez trois sujets ont été presque complètement remplacés par des virus présentant des différences à deux à cinq loci génomiques hautement sélectionnés ; entre 12 et 20 mois, les virus ont exhibé des mutations concentrées à 17-34 endroits discrets. Ces résultats révèlent des propriétés virales associées à la transmission mucosale du VIH-1 et un ensemble limité de mutations adaptatives évoluant rapidement, principalement, mais pas exclusivement, sous l'influence des réponses précoces des lymphocytes T cytotoxiques.
Salazar-Gonzalez et al. (Mon,) ont étudié cette question.