Key points are not available for this paper at this time.
Les tunnels et canaux facilitent le transport de petites molécules, d'ions et de solvants en eau dans une grande variété de protéines. Les caractéristiques des voies de transport individuelles, y compris leur géométrie, leurs propriétés physico-chimiques et leur dynamique, sont essentielles pour comprendre les relations structure-fonction de ces protéines, pour le design de nouveaux inhibiteurs et la construction de biocatalyseurs améliorés. CAVER est un outil logiciel largement utilisé pour l'identification et la caractérisation des voies de transport dans des structures macromoléculaires statiques. Dans ce document, nous présentons une nouvelle version de CAVER permettant une analyse automatique des tunnels et des canaux dans de grands ensembles de conformations protéiques. CAVER 3.0 implémente de nouveaux algorithmes pour le calcul et le regroupement des voies. Une trajectoire d'une simulation de dynamique moléculaire sert d'entrée typique, tandis que des caractéristiques détaillées et des statistiques résumées de l'évolution temporelle des voies individuelles sont fournies dans les sorties. Pour illustrer les capacités de CAVER 3.0, l'outil a été appliqué à l'analyse de la simulation de dynamique moléculaire de l'enzyme microbienne haloalkane déshalogénase DhaA. CAVER 3.0 a identifié de manière fiable et estimé avec précision l'importance de tous les tunnels DhaA précédemment publiés, y compris les tunnels fermés dans les structures cristallines de DhaA. Les résultats obtenus démontrent clairement que l'analyse de simulation de dynamique moléculaire est essentielle pour l'estimation des caractéristiques des voies et l'élucidation de la base structurelle du verrouillage des tunnels. CAVER 3.0 ouvre la voie à l'étude de phénomènes biochimiques importants dans le domaine du transport moléculaire, de la reconnaissance moléculaire et de la catalyse enzymatique. Le logiciel est disponible gratuitement en tant qu'application en ligne de commande multiplateforme sur http://www.caver.cz.
Chovancová et al. (Jeu,) ont étudié cette question.