Expansion du circuit de la pluripotence par isolation sélective des protéines associées à la chromatine

Le maintien de la pluripotence est régulé par un réseau de facteurs de transcription coordonné par Oct4, Sox2 et Nanog (OSN), mais une investigation systématique de la composition et de la dynamique du réseau protéique OSN spécifiquement sur la chromatine est encore manquante. Ici, nous avons développé une méthode combinant ChIP avec isolation sélective des protéines associées à la chromatine (SICAP) suivie de spectrométrie de masse pour identifier les partenaires liés à la chromatine d'une protéine d'intérêt. ChIP-SICAP dans des cellules souches embryonnaires de souris (ESCs) a identifié plus de 400 protéines s'associant à OSN, y compris plusieurs dont l'interaction dépend de l'état pluripotent. Trim24, une protéine précédemment non reconnue dans le réseau, converge avec OSN sur plusieurs amplificateurs et supprime l'expression des gènes de développement tout en activant les gènes du cycle cellulaire. De manière cohérente, Trim24 a considérablement amélioré l'efficacité du reprogrammation cellulaire, démontrant sa fonctionnalité directe dans l'établissement de la pluripotence. Collectivement, ChIP-SICAP fournit un outil puissant pour décoder la composition protéique de la chromatine, encore renforcé par sa capacité intégrative à réaliser du ChIP-seq.