Identification et caractérisation des sites de liaison et évaluation de la potentialité médicamenteuse

L'identification et la caractérisation des sites de liaison sont essentielles dans le processus de conception de médicaments basée sur la structure. Dans certains cas, il n'y a peut-être aucune information sur le site de liaison d'une cible d'intérêt. Dans d'autres cas, un site de liaison putatif a été identifié par des moyens computationnels ou expérimentaux, mais la potentialité médicamenteuse de la cible n'est pas connue. Même lorsqu'un site pour une cible donnée est connu, il peut être souhaitable de trouver des sites supplémentaires dont le ciblage pourrait produire une réponse biologique désirée. Un nouveau programme, appelé SiteMap, est présenté pour identifier et analyser les sites de liaison et pour prédire la potentialité médicamenteuse des cibles. Lors d'une validation à grande échelle, SiteMap identifie correctement le site de liaison connu comme le site le mieux classé dans 86 % des cas, avec les meilleurs résultats (>98 %) pour les sites qui lient des ligands avec une affinité subnanomolaire. De plus, une version modifiée du score utilisé pour l'identification des sites de liaison permet à SiteMap de classer avec précision la potentialité médicamenteuse des protéines, mesurée par leur capacité à lier étroitement de petites molécules absorbées passivement. En caractérisant les sites de liaison, SiteMap fournit des informations quantitatives et graphiques qui peuvent aider à guider les efforts pour évaluer de manière critique les frappes virtuelles dans une application de découverte de leads ou pour modifier la structure des ligands afin d'améliorer la puissance ou d'améliorer des propriétés physiques dans un contexte d'optimisation des leads.