Perspectives sur le plasmidome du rumen bovin

Les plasmides sont des éléments génétiques auto-réplicables capables de mobilisation entre différents hôtes. Les plasmides servent souvent de médiateurs du transfert horizontal de gènes, un processus considéré comme une force évolutive forte et sculptante dans les environnements microbiens. Notre objectif était de caractériser la population globale de plasmides dans l'environnement du rumen bovin, qui abrite une microbiote complexe et dense d'une énorme importance pour les humains. Nous avons développé une procédure pour l'isolement de l'ADN plasmidique total du rumen, appelé plasmidome du rumen, et l'avons soumis à un séquençage approfondi en utilisant le protocole à bouts appariés Illumina et une analyse avec des outils bioinformatiques publics et sur mesure. Un grand nombre de contigs du plasmidome se sont alignés avec des plasmides de bactéries de rumen isolées de différents lieux et à différents moments, suggérant que non seulement les taxa bactériens, mais aussi leurs plasmides, sont définis par le créneau écologique. La distribution des phylums bactériens du plasmidome était différente de celle des taxa bactériens du rumen. Néanmoins, les deux partageaient une dominance des phylums Firmicutes, Bacteroidetes et Proteobacteria. Évidemment, le plasmidome du rumen a une nature hautement mosaïque qui peut traverser les phylums. Fait intéressant, lorsque nous avons comparé le profil fonctionnel du plasmidome du rumen avec deux bases de données de plasmides et deux métagénomes de rumen publiés récemment, il est devenu évident que le plasmidome du rumen code pour des fonctions qui sont enrichies dans le créneau écologique du rumen et pourraient conférer des avantages à leurs hôtes, suggérant que les profils fonctionnels des éléments génétiques mobiles sont associés à leur environnement, comme cela a été précédemment impliqué pour les virus.