Développement de marqueurs SSR pour Japanagromyza tokunagai (Agromyzidae, Diptera) utilisant des séquences génomiques obtenues par séquençage nanopore.

Japanagromyza tokunagai Sasakawa 1953 (Agromyzidae, Diptera) perturbe la reproduction des semences d'orchidées en se nourrissant des fruits d'orchidées. Cette espèce se nourrit des fruits d'orchidées au Japon depuis plus de 100 ans, mais l’augmentation récente des dégâts pourrait être due à la propagation de populations particulièrement nuisibles. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage nanopore pour établir des marqueurs de microsatellites pour J. tokunagai afin d’inférer la cause de l’histoire de propagation de cette mouche sur la base d’une analyse génétique des populations à partir des origines d’échantillons historiques et contemporains. L'analyse de trois populations a montré que les 15 loci des marqueurs de microsatellites établis étaient polymorphes et que le nombre d'allèles variait entre 3 et 13. Les marqueurs développés dans cette étude peuvent être utilisés pour révéler la diversité génétique actuelle et passée des populations et le flux génique, contribuant ainsi à notre compréhension de l'histoire de la population de cette mouche parasitaire. Des recherches supplémentaires utilisant ces marqueurs fourniront une base pour le développement de méthodes de contrôle pour J. tokunagai et soutiendront la conservation des orchidées rares.