Les éléments CRISPR dans Yersinia pestis acquièrent de nouveaux répétitions par une absorption préférentielle de l'ADN de bactériophage, et fournissent des outils supplémentaires pour les études évolutives

Les remarquables éléments répétitifs appelés CRISPR (répétitions palindromiques courtes régulièrement espacées en grappes) se composent de répétitions intercalées avec des éléments non répétitifs ou 'espacers'. Les CRISPR sont présents à la fois chez les archées et les bactéries, en association avec des gènes impliqués dans la recombinaison et la réparation de l'ADN. Dans le génome de Yersinia pestis, trois de tels éléments sont trouvés à trois loci distincts, dont un est hautement polymorphe. Les auteurs ont séquencé un total de 109 allèles des trois CRISPR de Y. pestis et décrivent 29 nouveaux espacers, la plupart étant spécifiques à un isolat. Dans neuf souches de Yersinia pseudotuberculosis, 132 espacers ont été trouvés, dont seulement trois sont communs aux isolats de Y. pestis. Dans Y. pestis du biovar Orientalis étudié en détail ici, une délétion de motifs est observée mais il apparaît que l'ajout de nouveaux motifs à un élément ancestral commun est l'événement le plus fréquent. Cela se produit aux trois loci différents, bien qu'à un taux plus élevé dans l'un des loci, et l'ajout de nouveaux motifs est polarisé. Il est intéressant de noter que les espacers acquis le plus récemment ont été trouvés avec un homologue à un autre locus dans le génome, la majorité d'entre eux à l'intérieur d'un prophage inactif. Ceci est considéré comme la première fois que l'origine des espacers dans les éléments CRISPR a été expliquée. La structure CRISPR fournit un nouvel outil d'identification robuste.