L'organisation à grande échelle du réseau bactérien des interactions d'écologie co-occurrence

Dans leurs environnements naturels, les microorganismes forment des systèmes complexes d'interactions. Comprendre la structure et l'organisation des communautés bactériennes aura probablement des conséquences médicales et écologiques larges, pourtant une description complète du réseau des interactions environnementales fait actuellement défaut. Ici, nous exploitons les co-occurrences dans la littérature scientifique pour construire un tel réseau et démontrer un schéma d'association attendu entre le mode de vie des espèces et le nombre enregistré de partenaires co-occurrents. Nous nous concentrons également sur la communauté intestinale bien annotée et montrons que la plupart des interactions de co-occurrence des bactéries intestinales typiques se produisent au sein de cette communauté. Le réseau est ensuite regroupé en groupes d'espèces qui correspondent de manière significative aux communautés naturellement présentes. Les relations entre la concurrence pour les ressources, le rendement métabolique et le taux de croissance au sein des clusters correspondent à la théorie de la sélection r/K. Dans l'ensemble, ces résultats soutiennent les clusters construits comme une première approximation d'un modèle d'écosystème bactérien. Cette collection complète de communautés prédites forme une nouvelle ressource de données pour une caractérisation systématique plus approfondie des principes de design écologique façonnant les communautés. Ici, nous démontrons son utilité pour prédire la coopération et l'inhibition au sein des communautés.