Détection simultanée et différenciation des souches de Mycobacterium tuberculosis pour le diagnostic et l'épidémiologie

L'utilisation généralisée de l'introduction de la longueur des fragments de restriction de l'ADN (RFLP) pour différencier les souches de Mycobacterium tuberculosis afin de surveiller la transmission de la tuberculose a été freinée par la nécessité de cultiver cet organisme à croissance lente et par le niveau de sophistication technique requis pour le typage RFLP. Nous avons développé une méthode simple qui permet la détection et le typage simultanés de M. tuberculosis dans des échantillons cliniques et réduit le temps entre la suspicion de la maladie et le typage d'1 ou plusieurs mois à 1 ou 3 jours. La méthode repose sur le polymorphisme du locus chromosomal DR, qui contient un nombre variable de courtes répétitions directes entrecoupées d'un espaceur non répétitif. La méthode est appelée oligotypage de l'espaceur ou "spoligotypage" car elle repose sur des modèles d'hybridation dépendants des souches de l'ADN amplifié in vitro avec plusieurs oligonucléotides espaceurs. La plupart des isolats cliniques testés ont montré des modèles d'hybridation uniques, tandis que les souches épidémiques partageaient le même spoligotype. Les types obtenus par examen direct des échantillons cliniques étaient identiques à ceux obtenus en utilisant de l'ADN de M. tuberculosis cultivé. Cette étude préliminaire novatrice montre que la méthode pourrait être un outil utile pour la divulgation rapide de cas d'épidémie liés au sein d'une communauté, dans des hôpitaux ou dans d'autres institutions et pour la surveillance de la transmission de M. tuberculosis résistant à plusieurs médicaments. De manière inattendue, le spoligotypage a été trouvé pour différencier M. bovis de M. tuberculosis, une distinction qui est souvent difficile à établir par des méthodes traditionnelles.