Contexte mutationnel et développement clonal diversifié dans le cancer de la vessie précoce et tardif

Le cancer de la vessie (ou carcinome des cellules urothéliales UCC) se caractérise par une maladie de champ (altérations malignes dans la muqueuse environnante) et de fréquentes récidives. Le séquençage du génome entier, de l'exome et du transcriptome de 38 tumeurs, y compris quatre paires de tumeurs métachrones et 20 tumeurs superficielles, a identifié une signature mutationnelle APOBEC dans un tiers. Cela était biaisé vers le brin sens, corrélé au niveau d'expression moyen, et regroupé près des points de rupture. Les mutations A>G étaient jusqu'à huit fois plus fréquentes sur le brin sens (p<0,002) dans des contextes ACGAT. La signature APOBEC spécifique au patient était négativement corrélée à l'expression des gènes de réparation et n'était pas liée aux paramètres clinicopathologiques. Les mutations dans des familles de gènes et des gènes uniques étaient liées au stade tumoral, et l'expression des modificateurs de chromatine était corrélée à la survie. Des analyses évolutives et subclonales de paires de tumeurs précoces/tardives ont montré une origine unitaire, et des clones tumoraux discrets contenaient des gènes cancéreux mutés. Les clones ancestraux contenaient des mutations Pik3ca/Kdm6a et peuvent refléter les mutations de maladie de champ partagées parmi les tumeurs ultérieures.