Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., un micro-organisme aérobie, à Gram négatif, accumulant des polyphosphates, le premier représentant cultivé du nouveau phylum bactérien Gemmatimonadetes phyl. nov.

Un bâtonnet aérobie phylogénétiquement nouveau a été isolé d'un réacteur à lots séquentiels anaérobies-aérobies fonctionnant dans des conditions améliorées d'élimination biologique du phosphore pour le traitement des eaux usées. La stratégie d'isolement utilisée ciblait des bactéries accumulant des polyphosphates à croissance lente en combinant des centrifugations à basse vitesse et une incubation prolongée sur un milieu à faible teneur en nutriments. L'isolat, désigné comme la souche T-27T, était un aérobie à Gram négatif, en forme de bâtonnet. Les cellules semblaient souvent se diviser par réplication par bourgeonnement. La souche T-27T a poussé à 25-35 degrés C avec une température de croissance optimale de 30 degrés C, tandis qu'aucune croissance n'a été observée en dessous de 20 degrés C ou au-dessus de 37 degrés C au cours de 20 jours d'incubation. La plage de pH pour la croissance était de 6,5 à 9,5, avec un optimum à pH 7,0. La souche T-27T était capable d'utiliser une gamme limitée de substrats, tels que l'extrait de levure, le polypepton, le succinate, l'acétate, la gélatine et le benzoate. Le colorant de Neisser était positif et les cellules colorées au 4,6-diamidino-2-phénylindole affichaient une fluorescence jaune, indicative des inclusions de polyphosphate. La ménaquione 9 était la principale quinone respiratoire. Les acides gras cellulaires de la souche étaient principalement composés d'iso-C15:0, C16:1 et C14:0. Le contenu G + C de l'ADN génomique était de 66 mol %. Des analyses comparatives des séquences du gène 16S rRNA ont indiqué que la souche T-27T appartient à la division candidate BD (également appelée KS-B), une lignée au niveau du phylum dans le domaine bactérien, qui jusqu'à présent ne comprend que des séquences clone de 16S rDNA environnementales. Ici, un nouveau genre et une nouvelle espèce sont proposés, Gemmatimonas aurantiaca (souche type T-27T=JCM 11422T=DSM 14586T) gen. nov., sp. nov., le premier représentant cultivé des Gemmatimonadetes phyl. nov. Les données de séquence environnementales indiquent que ce phylum est largement répandu dans la nature et a une largeur phylogénétique (19 % de divergence de séquence 16S rDNA) qui est supérieure à celle de phylums bien connus tels que les Actinobactéries (18 % de divergence).