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Le profilage métabolique pseudo-ciblé est une stratégie novatrice combinant les avantages des méthodes ciblées et non ciblées. Cette stratégie obtient des métabolites et leurs ions produits à partir de la spectrométrie de masse à temps de vol en quadrupôle (Q-TOF) par acquisition dépendante de l'information (IDA), puis sélectionne des paires d'ions ciblées et les mesure sur une spectrométrie de masse à triple quadrupôle par surveillance des réactions multiples (MRM). La sélection des paires d'ions parmi des milliers de candidates est l'étape la plus chronophage de la stratégie pseudo-ciblée. Ici, une approche systématique et automatisée ainsi qu'un logiciel (MRM-Ion Pair Finder) ont été développés pour acquérir des paires d'ions MRM caractéristique par alignement des ions précurseurs, extraction et réduction du spectre MS(2), sélection d'ions produits caractéristiques et fusion d'ions. Pour tester la fiabilité de l'approche, un mélange de 15 standards de métabolites a d'abord été analysé ; les paires d'ions représentatives ont été correctement sélectionnées. Ensuite, des échantillons de sérum regroupés ont été étudiés, et les résultats ont été confirmés par sélection manuelle. Enfin, une comparaison avec un logiciel commercial d'alignement de pics a été effectuée, et une bonne couverture caractéristique des ions des métabolites a été obtenue. En tant que preuve de concept, l'approche proposée a été appliquée à une étude métabolomique du cancer du foie ; 854 paires d'ions métaboliques ont été définies en mode ion positif à partir de sérum. Notre approche offre une méthode à haut débit fiable pour acquérir des paires d'ions MRM pour la métabolomique pseudo-ciblée avec une couverture des métabolites améliorée et facilite la découverte de biomarqueurs plus fiables.
Luo et al. (Ven,) ont étudié cette question.