Test basé sur la PCR pour la différenciation de Pseudomonas aeruginosa des autres espèces de Pseudomonas récupérées chez des patients atteints de fibrose kystique

Pseudomonas aeruginosa est le principal pathogène bactérien opportuniste chez les personnes atteintes de fibrose kystique (FK) ; une infection pulmonaire se produit chez environ 80 % des patients adultes atteints de FK. Une grande partie de la gestion des patients atteints de FK dépend de l'identification précise de P. aeruginosa à partir de cultures de sputum. Cependant, l'identification de cette espèce peut poser problème en raison de la variabilité phénotypique marquée démontrée par les isolats de sputum de FK et de la présence d'autres espèces étroitement apparentées. Pour faciliter l'identification des espèces, nous avons utilisé des données de séquence de l'ADN ribosomal 16S (rDNA) pour concevoir des tests PCR destinés à fournir une identification au niveau du genre ou de l'espèce. Les deux tests ont donné des fragments d'ADN de la taille prévue. Nous avons testé 42 souches de collection (y compris 14 souches de P. aeruginosa et 28 souches représentant 16 autres espèces de Pseudomonas étroitement apparentées) et 43 souches qui avaient été précédemment identifiées comme appartenant à 28 espèces non pseudomonales également récupérées à partir du sputum de patients atteints de FK. Sur la base de ces 85 souches, la spécificité et la sensibilité des deux tests étaient de 100 %. Pour évaluer davantage l'utilité des tests PCR, nous avons testé 66 isolats récents de sputum de FK. Les résultats ont indiqué que des tests phénotypiques préliminaires avaient mal identifié plusieurs isolats. La séquence du rDNA 16S a été déterminée pour 38 isolats, et dans tous les cas, elle a confirmé les résultats des tests PCR. Ainsi, nous avons conçu deux tests PCR : l'un est spécifique au genre Pseudomonas, tandis que l'autre est spécifique à P. aeruginosa. Les deux tests montrent une sensibilité et une spécificité de 100 %.