Séquence, structure et préférences contextuelles des protéines liant l'ARN humaines

Les protéines liant l'ARN (RBPs) orchestrent la production, le traitement et la fonction des ARNm. Ici, nous présentons les paysages d'affinité de 78 RBPs humaines à l'aide d'un essai impartial qui détermine les préférences de séquence, de structure et de contexte de ces protéines in vitro par séquençage profond des ARN liés. Ces données permettent la construction de "cartes d'ARN" de l'activité des RBPs sans nécessiter d'essais basés sur le crosslinking. Nous avons trouvé une diversité de motifs ARN étonnamment faible, impliquant une convergence fréquente de la spécificité de liaison vers un ensemble relativement petit de motifs ARN, dont beaucoup ont une complexité compositionnelle faible. Compensant cette tendance, cependant, nous avons observé des préférences étendues pour des caractéristiques contextuelles distinctes des courts motifs ARN linéaires, y compris des motifs "bipartites" espacés, une composition nucléoïdique biaisée en périphérie et un biais à l'écart ou en faveur de la structure de l'ARN. Nos résultats soulignent l'importance des caractéristiques contextuelles dans la reconnaissance de l'ARN, qui permettent probablement le ciblage de sous-ensembles distincts de transcrits par différents RBPs qui reconnaissent le même motif linéaire.