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Les simulations à échelle grossière sont largement utilisées pour étudier de grands systèmes biologiques. Néanmoins, la construction de tels systèmes de simulation devient non triviale, surtout lorsque des membranes avec différents types de lipides sont impliquées. En tirant parti des cadres des modules CHARMM-GUI tous atomes, nous avons développé CHARMM-GUI Martini Maker pour construire des systèmes de solution, de micelles, de bicouches et de vésicules, ainsi que des systèmes avec lipides répartis aléatoirement en utilisant le champ de force Martini. Martini Maker prend en charge 82 types de lipides et différentes variantes du champ de force Martini, y compris Martini polaire et non polaire, Dry Martini, et ElNeDyn (un modèle de réseau élastique pour les protéines). Les qualités des systèmes générés par Martini Maker sont validées par des simulations d'exemples variés impliquant des protéines et des lipides. Nous espérons que Martini Maker sera un outil utile pour modéliser de grands systèmes biomoléculaires compliqués de manière conviviale.
Qi et al. (Sat,) ont étudié cette question.