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Nous introduisons metaMDBG, un assembleur de métagénomique pour les lectures PacBio HiFi. MetaMDBG combine un assemblage en graphique de de Bruijn dans un espace de minimisateurs avec un assemblage itératif sur des séquences de minimisateurs pour traiter les variations dans la profondeur de couverture du génome et une stratégie de filtrage basée sur l'abondance pour simplifier la complexité des souches. Pour les communautés complexes, nous avons obtenu jusqu'à deux fois plus de génomes prokaryotes assemblés en métagénome circulaires de haute qualité que les méthodes existantes et avons mieux récupéré des virus et des plasmides.
Benoit et al. (mar,) ont étudié cette question.