Un test statistique simple et robuste pour détecter la présence de recombinaison

La recombinaison est une force évolutive puissante qui fusionne des génotypes historiquement distincts. Mais l'étendue de la recombinaison chez de nombreux organismes est inconnue, et même déterminer sa présence au sein d'un ensemble de séquences homologues est une question difficile. Ici, nous développons une nouvelle statistique, phi(w), qui peut être utilisée pour tester la recombinaison. Nous montrons par simulation que notre test peut discriminer efficacement entre la présence et l'absence de recombinaison, même dans des situations diverses telles que la croissance exponentielle (topologies en étoile) et les motifs de corrélation des taux de substitution. Un certain nombre d'autres tests, Max chi2, NSS, un test de permutation basé sur la coalescence (provenant de LDHat), et la corrélation du déséquilibre de liaison (tant r2 que /D'/) avec la distance, tendent tous à sous-estimer la présence de recombinaison sous une forte croissance populationnelle. De plus, tant Max chi2 que NSS infèrent faussement la présence de recombinaison sous un modèle simple de corrélation des taux de mutation. Les résultats sur des données empiriques montrent que notre test peut être utilisé pour détecter la recombinaison entre des échantillons étroitement ainsi que distamment liés, indépendamment du taux de recombinaison suspecté. Les résultats suggèrent que phi(w) est l'une des meilleures approches pour distinguer la mutation récurrente de la recombinaison dans une grande variété de circonstances.