Dynamique associée au cancer et régulateurs potentiels de la polyadénylation intronique révélés par IPAFinder à l'aide de données RNA-seq standard

La polyadénylation intronique (IpA) entraîne généralement des modifications de la région codante d'un ARN messager, et son implication dans les maladies a été reconnue, bien qu'elle en soit à ses débuts. Identifier de manière pratique et précise l'IpA est d'une grande importance pour évaluer davantage sa signification biologique. Ici, nous avons développé IPAFinder, une méthode bioinformatique pour l'identification de novo des sites poly(A) introniques et de leurs changements dynamiques à partir de données RNA-seq standard. En appliquant IPAFinder à 256 paires tumeur/normale de pan-cancer à travers six types de tumeurs, nous avons découvert 490 événements IpA dynamiques récurrents, dont certains sont nouveaux et dérivés de gènes associés au cancer tels que TSC1, SPERD2 et CCND2. De plus, IPAFinder a révélé que l'IpA pourrait être régulée par des facteurs liés à l'épissage et à la modification m6A. En résumé, IPAFinder permet la découverte globale et la caractérisation de l'IpA biologiquement régulée avec des données RNA-seq standard et devrait révéler la signification biologique de l'IpA dans divers processus.