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La séquence de 4 639 221 paires de bases d'Escherichia coli K-12 est présentée. Sur les 4288 gènes codant des protéines annotés, 38 % n'ont pas de fonction attribuée. La comparaison avec cinq autres microbes séquencés révèle des familles de gènes ubiquistes ainsi que des familles de gènes distribuées de manière plus étroite ; de nombreuses familles de gènes similaires au sein d'E. coli sont également évidentes. La plus grande famille de protéines paralogues contient 80 transporteurs ABC. Le génome dans son ensemble est remarquablement organisé par rapport à la direction locale de la réplication ; les guanines, des oligonucléotides éventuellement liés à la réplication et à la recombinaison, et la plupart des gènes sont orientés de cette manière. Le génome contient également des éléments de séquence d'insertion (IS), des restes de phages et de nombreux autres patches de composition inhabituelle indiquant la plasticité du génome par transfert horizontal.
Blattner et al. (Fri,) ont étudié cette question.
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