L'analyse génomique et transcriptomique fournit des éclaircissements sur la résistance à la pourriture des racines dans Panax notoginseng

Panax notoginseng (Panax notoginseng (Burk.) F.H. Chen), une plante de haute valeur médicinale, est fortement affectée par la pourriture des racines lors de sa culture. Ici, nous avons généré un génome de référence de P. notoginseng, avec une taille de contig N50 de 241,268 kb, et identifié 66 gènes de résistance aux maladies (gènes R) en tant que gènes candidats pour l'élevage de variétés résistantes aux maladies. Nous avons ensuite étudié le mécanisme moléculaire sous-jacent aux réponses des génotypes résistants et sensibles de P. notoginseng à l'infection par Fusarium oxysporum à six points temporels par RNA-seq. L'analyse fonctionnelle des gènes exprimés différemment entre les deux génotypes a indiqué que les gènes impliqués dans le processus biologique de réponse à la défense, tels que la transduction d'hormones et l'interaction plante-pathogène, sont continuellement et fortement exprimés dans le génotype résistant durant l'infection. De plus, les niveaux d'acide salicylique et d'acide jasmonique ont progressivement augmenté pendant l'infection dans le génotype résistant. L'analyse de coexpression a montré que PnWRKY22 agit comme un gène central dans la réponse de défense du génotype résistant. Enfin, l'overexpression transitoire de PnWRKY22 a augmenté les niveaux d'acide salicylique dans les feuilles de P. notoginseng. Nos résultats fournissent une base théorique pour étudier la résistance à la pourriture des racines dans P. notoginseng.