Bio-On-Magnetic-Beads (BOMB) : plateforme ouverte pour l'extraction et la manipulation à haut débit des acides nucléiques

Les laboratoires de biologie moléculaire actuels reposent fortement sur la purification et la manipulation des acides nucléiques. Cependant, les protocoles basés sur des centrifugeuses et des colonnes, couramment utilisés, nécessitent un équipement spécialisé, utilisent souvent des réactifs toxiques et ne sont pas économiquement évolutifs ni pratiques pour une utilisation à haut débit. Bien qu'il soit connu depuis un certain temps que les billes magnétiques peuvent offrir une réponse élégante à ces problèmes, le développement de protocoles open source basés sur ces billes a été limité. Dans cet article, nous fournissons des instructions étape par étape pour une synthèse facile de billes magnétiques fonctionnalisées et des protocoles détaillés pour leur utilisation dans la purification à haut débit de plasmides, d'ADN génomique, d'ARN et d'acides nucléiques totaux (TNA) provenant de diverses sources bactériennes, animales, végétales, environnementales et synthétiques. Nous proposons également un protocole basé sur des billes pour la conversion au bisulfite et la sélection de taille des fragments d'ADN et d'ARN. La comparaison avec d'autres méthodes met en lumière la capacité, la polyvalence et l'extrême coût-efficacité de l'utilisation de billes magnétiques. Ces protocoles open source et la page web associée (https://bomb.bio) peuvent servir de plateforme pour une personnalisation supplémentaire des protocoles et l'engagement de la communauté.