Le motif de reconnaissance de l'ARN, une plateforme flexible de liaison à l'ARN pour réguler l'expression génique post-transcriptionnelle

Le motif de reconnaissance de l'ARN (RRM), également connu sous le nom de domaine de liaison à l'ARN (RBD) ou domaine ribonucléoprotéique (RNP), est l'un des domaines protéiques les plus abondants chez les eucaryotes. Basé sur la comparaison de plus de 40 structures, y compris 15 complexes (RRM-ARN ou RRM-protéine), nous avons examiné les relations structure-fonction de ce domaine. Nous avons identifié et classé les différents éléments structurels du RRM qui sont importants pour la liaison à une multitude de séquences d'ARN et de protéines. Des aspects structurels communs ont été extraits, ce qui nous a permis de définir un leitmotiv structurel de l'interface RRM-acide nucléique avec ses variations. En dehors des deux motifs RNP conservés qui se trouvent au centre de la feuille beta du RRM, les deux brins beta externes, les boucles, les extrémités C- et N-, ou même un second domaine RRM, permettent une forte affinité de liaison à l'ARN et une reconnaissance spécifique. Les interactions protéines-RRM qui ont été trouvées dans plusieurs structures renforcent la notion d'une extrême polyvalence structurelle de ce domaine soutenant les nombreuses fonctions biologiques des protéines contenant un RRM.