Le séquençage génomique du cabillaud atlantique révèle un système immunitaire unique

Le cabillaud atlantique (Gadus morhua) est un poisson téléostéen de grande taille, adapté au froid, qui soutient des pêcheries commerciales anciennes et une aquaculture naissante. Ici, nous présentons le séquençage génomique du cabillaud atlantique, montrant des preuves d'adaptations thermiques complexes dans son cluster de gènes d'hémoglobine et une architecture immunitaire inhabituelle par rapport à d'autres vertébrés séquencés. L'assemblage du génome a été obtenu exclusivement par séquençage 454 de bibliothèques à shotgun et à bouts appariés, et l'annotation automatisée a identifié 22 154 gènes. Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) II est une caractéristique conservée du système immunitaire adaptatif des vertébrés à mâchoires, mais nous montrons que le cabillaud atlantique a perdu les gènes pour le CMH II, CD4 et la chaîne invariée (Ii) qui sont essentiels pour le fonctionnement de cette voie. Néanmoins, le cabillaud atlantique n'est pas exceptionnellement susceptible aux maladies dans des conditions naturelles. Nous trouvons un nombre de gènes MHC I fortement étendu et une composition unique de ses familles de récepteurs de type Toll (TLR). Cela indique comment le système immunitaire du cabillaud atlantique a évolué des mécanismes compensatoires tant en immunité adaptative qu'innée en l'absence de CMH II. Ces observations remettent en question des hypothèses fondamentales sur l'évolution du système immunitaire adaptatif et de ses composants chez les vertébrés.