Analyse du traitement des antigènes de classe II MHC par quantification des peptides constituant des ensembles imbriqués

Les peptides associés aux molécules MHC de classe II ont une longueur variable car, contrairement aux peptides associés aux molécules MHC de classe I, leurs extrémités amino et C ne sont pas contraintes par la structure de l'interaction du peptide avec le site de liaison. Les événements de traitement protéolytique qui génèrent ces peptides ne sont toujours pas bien compris. Pour répondre à cette question, des peptides extraits de HLA-DR*0401 ont été analysés à l'aide de deux types d'instruments de spectrométrie de masse. Cela a permis d'identifier plus de 700 peptides candidats dans une seule analyse et a fourni des informations sur l'abondance relative de 142 peptides contenus dans 11 ensembles imbriqués de 3 à 36 membres chacun. Les peptides de 12 résidus ou moins étaient présents uniquement en faible abondance, malgré le fait qu'ils aient été prédits pour occuper complètement la molécule HLA-DR*0401 dans un seul registre. En revanche, l'abondance relative des espèces plus longues suggérait que les événements protéolytiques survenant après la liaison à MHC déterminent la structure finale de la plupart des peptides associés à la classe II. Nos données suggèrent que les résidus C-terminaux de ces peptides reflètent l'action des peptidases qui clivent à des acides aminés préférés, tandis que les extrémités amino semblent être déterminées davantage par la proximité du site de liaison MHC de classe II. Ainsi, l'analyse des informations d'abondance pour les peptides associés à la classe II comprenant des ensembles imbriqués a offert de nouvelles perspectives sur le traitement protéolytique des peptides associés à MHC de classe II.