La trypsine clive exclusivement C-terminalement des résidus d'arginine et de lysine

Presque tous les projets à grande échelle en protéomique basée sur la spectrométrie de masse utilisent la trypsine pour convertir des mélanges de protéines en populations de peptides plus facilement analyzables. Lors de la recherche de spectres de fragmentation de peptides dans des bases de données de séquences, il peut être nécessaire que les séquences de peptides potentiellement correspondantes soient conformes à la spécificité trypsique, c'est-à-dire, clivage exclusivement C-terminalement aux résidus d'arginine ou de lysine. Cependant, dans de nombreux rapports publiés, des nombres significatifs de protéines sont identifiés par des peptides non-trypsiques. Ici, nous utilisons la précision de masse en sous-parties par million d'un nouveau spectromètre de masse à piégeage d'ions avec transformée de Fourier pour obtenir une confiance plus de 100 fois accrue dans l'identification des peptides par rapport aux expériences typiques de piégeage d'ions et montrons que la trypsine clive uniquement C-terminalement aux résidus d'arginine et de lysine. Nous constatons que les peptides non-trypsiques se produisent uniquement comme peptides C-terminaux de protéines et comme produits de dégradation de peptides entièrement trypsiques N-terminaux à une proline interne. La simulation d'une précision de masse inférieure a conduit à un grand nombre de protéines erronément identifiées avec des frappes de peptides non-trypsiques. Nos résultats indiquent que de telles frappes de peptides dans des études précédentes devraient être réexaminées et que l'identification des peptides devrait être basée sur une spécificité trypsique stricte.