Mesure CarcSeq des mutations conductrices du cancer mammaire chez le rat et relation à la néoplasie mammaire spontanée

La capacité de déduire le potentiel carcinogène à partir d'études sur des rongeurs à doses répétées subchroniques constituerait une avancée majeure dans l'évaluation de la sécurité chimique et le développement de médicaments. Cette étude a étudié une méthode NGS corrigée des erreurs (CarcSeq) pour quantifier les mutations conductrices du cancer (CDMs) et dériver un indicateur d'expansion clonale prédictif d'un potentiel néoplasique futur. CarcSeq a été conçu pour interroger des sous-ensembles d'amplicons englobant des CDMs de points chauds applicables à une variété de cancers. Auparavant, l'ADN mammaire humain normal avait été analysé par CarcSeq et des indicateurs basés sur des CDMs spécifiques aux mammifères ont été corrélés avec l'âge du donneur de tissus, un substitut du risque de cancer du sein. Ici, nous rapportons le développement de méthodologies parallèles pour le rat. L'utilité de la méthode rat CarcSeq pour prédire le potentiel néoplasique a été étudiée en analysant le tissu mammaire de rats non traités âgés de 16 semaines avec des différences connues dans la néoplasie mammaire spontanée (Fischer 344, Wistar Han et Sprague Dawley). Des centaines de mutants avec des fractions mutantes ≥ 10-4 ont été quantifiés dans chaque souche, la plupart étaient des mutations récurrentes, et 42,5 % des mutations non synonymes ont des homologues humains. Les mutants dans la cible spécifique aux mammifères de la souche la plus sensible aux tumeurs (Sprague Dawley) ont montré le plus grand rapport de mutations non synonymes/synonymes, indicatif d'une sélection positive cohérente avec une expansion clonale. Pour la cible spécifique aux mammifères (amplicons Hras, Pik3ca et Tp53), l'écart absolu médian a été corrélé avec les pourcentages de rats développant une néoplasie mammaire spontanée à 104 semaines (Pearson r = 1,0000, p à une queue = 0,0010). Par conséquent, cette étude a produit des preuves que l'analyse CarcSeq des CDMs spontanément présents peut être utilisée pour dériver un indicateur précoce d'expansion clonale en lien avec un résultat néoplasique à long terme.